Yamato mempunyai rambut coklat pendek dan mata hitam berbentuk almond. Semasa masih kanak-kanak dan subjek ujian Orochimaru, rambutnya yang panjang dan tidak terawat melewati bahunya. Ketika dia melabuhkan tirainya, Yamato mengenakan pakaian Anbu yang standard: jumper hitam tanpa lengan di bawah jaket flack kelabu dengan sandal shinobi yang diikat, sarung tangan panjang dengan pelindung di atasnya. Dia membawa pedang yang diikat di punggungnya, dan memakai topeng yang menyerupai wajah kucing yang ditutupi dengan tanda hijau dan merah yang rumit, dan tatu Anbu di bahu kirinya. Namun, ketika dia bertemu dengan Naruto, Sakura, dan Sai untuk pertama kalinya, dia telah berubah menjadi variasi pakaian standar Konoha-nin, dengan jaket flak.

Perbezaan antara pakaiannya dan pakaian yang standard adalah bahawa dia tidak mempunyai jubah Uzushiogakure di bahu lengan baju, dan leher kemeja biru lautnya sesuai dan naik ke dagunya. Dia juga masih menyimpan dua kantung pinggul yang diikat di punggung bawah dan bukan hanya satu. Selain itu, ia memiliki pelindung dahi gaya happuri yang membingkai wajahnya, mirip dengan Tobirama Senju.

Bertahun-tahun kemudian semasa pemerintahan Hokage Ketujuh, penampilan Yamato tetap sama kecuali dengan perubahan kecil yang ketara: dia mengalami kerutan kecil di bawah matanya dan di sudut mulutnya, rambutnya lebih pendek, runcing dan pelindung dahinya yang bergaya bahagia tidak mempunyai lambang dan sedikit retak.